ЦДУМ при создании называлось "Уфимское Духовное Магометанского закона Собрание" (с 1796 г. - Оренбургское), полномочия его осуществлялись на территории Уфимского наместничества и Оренбургской губернии (позже на всей территории России, кроме Таврического наместничества). Духовное собрание было приравнено по основной деятельности к судебным учреждениям, подчинялось местной администрации и Главному управлению духовных дел иностранных исповеданий (с 1810 г.). В 1846-1917 гг. называлось Оренбургское Магометанское Духовное Собрание (ОМДС).
Председатель, муфтий назначался императрицей по представлению министра внутренних дел и местной администрации, а члены Духовного собрания (заседатели) до 1889 г. избирались мусульманским духовенством Казанской губернии. Муфтии, заседатели, служащие получали жалование как государственные чиновники.
В ведении Духовного собрания находились: испытание претендентов на приходские должности в знании канонов ислама, надзор за действиями духовенства мусульманского, строительство и ремонт мечетей, заключение браков, имущественные споры, вакуфы, случаи неповиновения детей родителям, правильность исполнения мусульманских обрядов и ведения метрических книг (с 1828 г.) приходским духовенством.
Структура Духовного собрания была трехступенчатой:
- высшая (муфтиат) состояла из муфтия, 5-6 казыев (судей), ответственного секретаря, переводчика, столоначальников и писарей;
- средняя (мухтасибат) - из 2-5 чел. во главе с мухтасибом (контролером мусульманской общины);
- нижняя (мутаваллиат) - из муллы, муэдзина и секретаря-казначея при каждой мечети.
К 1889 году в ведении Духовного собрания находилось 4254 прихода, 3,4 млн. прихожан обоего пола, 65 ахунов, 2734 хатыба, 2621 мударрис и имам, 2783 муэдзина; к 1912 - 4,5 млн. прихожан обоего пола, 5771 приход и 12341 духовное лицо.
В 1917 г. Духовное собрание было переименовано в ЦДУМ Внутр. России и Сибири; во главе с муфтием Г.Баруди представляло духовное ведомство во вновь созданном Национальном управлении мусульман - Милли идара. С учреждением Комиссариата по делам мусульман Внутр. России и Сибири при СНК Национальное управление было ликвидировано, а ЦДУМ стал существовать самостоятельно; в его ведении остались в основном богословские вопросы.
К 1927 г. оно объединяло 14825 приходов. В 30-е гг. духовенство ЦДУМ подвергалось преследованию властей (арестовано свыше 20 человек, среди них члены Духовного управления К.Тарджиманов, З.Камалетдинов, М.Буби и др.). Создание самостоятельного ДУМ Башкортостана (см. Духовное управление мусульман РБ), Средней Азии и Казахстана в Ташкенте, Закавказья - в Баку в 40-е гг. привели к сужению сферы влияния ЦДУМ.
В 1948 г. на съезде мусульманского духовенства в г. Уфа религиозное учреждение переименовано в ДУМ Европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС), был принят новый устав. К 1988 г. в ведении ДУМЕС насчитывалось 142 официально зарегистрированных мусульманских общин. За годы демократизации общества их количество увеличилось почти в 10 раз.
С 1992 г. на волне суверенизации начался процесс распада ДУМЕС на независимые региональные духовные управления. В Башкортостане часть приходов находится в ведении ДУМ РБ, часть - в ДУМЕС.
В связи с образованием Высшего координационного центра ДУМ России (ВКЦ ДУМР) с центром в г. Москва (февраль 1994 г.) ДУМЕС переименован в управление с современным названием. Устав его зарегистрирован в Министерстве юстиции России 8 апреля 1994 г.
Центральное Духовное Управление мусульман России в настоящее время является централизованной религиозной организацией. Распространяет свою юрисдикцию на территорию Российской Федерации (кроме регионов Северного Кавказа), Белоруссии, Молдовы, Латвии, Литвы и Эстонии. Руководителем ЦДУМ является Верховный Муфтий, Председатель Центрального Духовного Управления мусульман России. Верховный Муфтий Талгат Сафа Таджуддин имеет высший исламский титул "Шейх-уль-Ислам". Председатель ЦДУМ России - Верховный Муфтий избирается на съезде (меджлисе) мусульман России пожизненно.
Руководящими органами ЦДУМ России являются: Меджлис (съезд), Президиум, Совет Муфтиев, Совет Улемов. Контрольным органом ЦДУМ является Центральная Ревизионная Комиссия ЦДУМ России.
На территориях отдельных субъектов федерации России или на территориях отдельных государств действуют Региональные Духовные Управления мусульман (далее РДУМ) в составе ЦДУМ России. На 01.01.2002 г. в составе ЦДУМ действуют 28 Региональных Духовных Управлений мусульман. Руководителем РДУМ является Председатель РДУМ в сане Муфтия. Председатели РДУМ назначаются на свои должности Верховным Муфтием России по представлению Президиума ЦДУМ России.
РДУМы состоят из территориальных Правлений мусульман Мухтасибатов. Мухтасибаты, как правило, имеют статус религиозной организации и учреждаются вышестоящей религиозной организацией. Руководителем Мухтасибата является Председатель Мухтасибатского Правления в сане Имам-мухтасиба.
На территориях городов, микрорайонов, поселков, сел и деревень создаются местные мусульманские религиозные организации - Махалля. Руководителем местной мусульманской религиозной организации является имам-хатыб.
Все священнослужители на свои должности назначаются бессрочно.
